Το μέλι έχει την τάση να κρυσταλλώνει. Στην αρχή σχηματίζονται κρύσταλλοι στον πυθμένα και τα τοιχώματα του δοχείου. Διαρκώς προστίθενται νέοι κρύσταλλοι οι οποίοι δίνουν γενικά μια όχι ευχάριστη εικόνα στο μέλι. Η κρυστάλλωση επίσης το κάνει δύσχρηστο. Το κρυσταλλωμένο μέλι δεν χάνει τις ιδιότητές του. Με την κρυστάλλωση όμως δημιουργείται μια άνιση κατανομή της υγρασίας με αποτέλεσμα το μη κρυσταλλωμένο μέλι να έχει περισσότερη υγρασία (πάνω από 20-21%) και να οδηγεί σε έναρξη των ζυμώσεων στο πάνω μέρος του δοχείου.

Σε περίπτωση που το μέλι κρυσταλλώσει για να το επαναφέρουμε στην αρχική του κατάσταση μπορούμε να το βάλουμε σε μπεν-μαρί και το ανακατεύουμε το ανά τακτικά διαστήματα. Εναλλακτικά μπορεί να τοποθετηθεί σε πηγές ήπιας θερμότητας έως ότου επανέλθει στην αρχική του ρευστότητα.

Έχουν γίνει διάφορες προσπάθειες για την πρόβλεψη του χρόνου έναρξης της κρυστάλλωσης του μελιού. Πιο ικανοποιητική θεωρείται ο λόγος γλυκόζης/νερού. Συνήθως τα ανθόμελα κρυσταλλώνουν σε μερικές εβδομάδες λόγω της μεγαλύτερης περιεκτικότητας τους σε σάκχαρα, το μέλι πεύκου σε μερικούς μήνες ενώ υπάρχουν και αρκετά είδη, όπως το μέλι της ακακίας, που χρειάζεται χρόνια για να κρυσταλλώσει και το μέλι ελάτης που δεν κρυσταλλώνει ποτέ.